Em 1989, a coleção da Flora da Serra do Cipó da USP contava com cerca de 11.000 espécimes. Entretanto, o conhecimento da ecologia das espécies de plantas é extremamente fragmentário e rudimentar, dificultando estudos de conservação e manejo. Além disso, o conhecimento da flora aquática da Unidade é praticamente inexistente. O extrativismo predatório de plantas para arranjos florais e ornamentações já foi muito grande no passado, e levou à extinção local de espécies, principalmente das sempre-vivas. Atualmente, muitas outras espécies têm sido arrancadas e vendidas em floriculturas de Belo Horizonte, São Paulo e Rio de Janeiro, onde alcançam preços exorbitantes.

Dentre estas destacam-se as bromélias, as canelas de ema e outras velosiáceas, orquídeas, samambaias, sempre-vivas e clusiáceas. Apesar dos esforços científicos para o conhecimento da flora da Serra do Cipó, a enorme biodiversidade apresentada por esta região se impõe como fator limitante, levando várias espécies a ameaças de extinção antes mesmo de serem descritas. Assim, é de grande importância dar continuidade aos estudos ora em desenvolvimento. Todavia, deve-se dar ênfase àqueles estudos botânicos que visem o conhecimento da distribuição, dinâmica populacional, genética populacional, eco fisiologia, biologia reprodutiva e interações tróficas, principalmente daquelas espécies que merecem mais cuidados do ponto de vista da conservação e manejo. Também de grande relevância é o estudo das espécies invasoras,